Das Flußneunauge kommt in europäischen Flüssen und deren Mündungsgebieten vor. Es fehlt in Mittel- und Nordnorwegen, im Norden Finnlands und Schottlands. Es kommt nicht im Gebiet des östlichen Mittelmeerraumes und des Schwarzen Meers vor. Wahrscheinlich ist es auch im Donaueinzugsgebiet fehlend.