In größeren Fließgewässern unternehmen die Rotaugen Laichwanderungen. In der Ostsee vorkommende Rotaugen wandern in Flüsse auf. Zur Laichzeit wird die Färbung vor allem der Männchen intensiver. Ebenso bilden sie auf Kopf und Rumpf Laichausschlag aus. Abgelaicht wird in großen Schwärmen. Die klebenden Eier werden auf Pflanzen, Wurzeln oder dem Grund abgelegt. Nach 5-10 Tagen schlüpfen die Larven, die aber erst nach dem Aufzehren des Dottersackes nach weiteren 3-8 Tagen schwimmfähig sind.