In nicht zu hoch gelegenen Alpen- oder Voralpenseen laichen die Seesaiblinge in der Tiefe am Grund ab. In hochgelegenen Seen, die sich auch im Sommer nur wenig erwärmen, wird am kiesigen Ufer abgelaicht. Der Seesaibling legt nicht wie die anderen Salmoniden Laichgruben an, sondern legt die bernsteinfarbenen Eier einfach über kiesigem Grund ab. Je nach Wassertemperatur kann die Entwicklung der Eier länger als 100 Tage dauern. Die geschlüpften Larven zehren dann noch einige Zeit von ihrem großen Dottersack und ernähren sich dann von Zooplankton.