Mit Ausnahme des Donaueinzugsgebietes kommt es im gesamten Gebiet der Bundesrepublik Deutschland vor. Aufgrund vielerlei Gefährdungsfaktoren, die insbesondere die anadromen Wanderer trafen, ist auch das Flußneunauge in seinen Beständen stark dezimiert worden. In Deutschland wird es als stark gefährdet eingestuft.