Nach dem Aufwandern in die Laichflüsse machen die Flußneunaugen erst eine Winterruhe durch. Im März bis Mai laichen sie dann bei Wassertemperaturen ab 9° C in kleinen Gruppen ab. Wie das Bachneunauge schlagen auch die Flußneunaugen Laichlöcher. Die Elterntiere sterben nach dem Laichen ab. Die nach einigen Wochen geschlüpften Querder leben 3 bis 4 Jahre im Feinsediment der Laichgewässer. In Herbst und Frühjahr des letzten Jahres wandeln sich die Querder zum adulten Tier um und wandern zum Meer ab.